Гравюра 1881 года. Вид Благовещенска, Амурская область, Дальний Восток R1487

 12 (25) ноября 1917 года в городе были получены первые сведения об Октябрьской революции в Петрограде и тексты первых декретов советской власти. Городской совет депутатов возглавил большевик Фёдор Мухин. В 1918 году в Благовещенске восстал против советской власти атаман Иван Михайлович Гамов. Казаки во главе с Гамовым захватили город и арестовали весь состав облисполкома. Впоследствии чего город был захвачен Японскими войсками. Капитан Муравьёв, сотрудник военно-статического отделения окружного штаба Приамурского военного округа, пишет в своём отчёте о командировке в Благовещенск в марте 1919 года: «Японские войска в настоящее время расположились вдоль линии Амурской железной дороги, охраняя станции, мосты и прочие железнодорожные сооружения от нападения и порчи их большевиками. Главной базой японцев является Благовещенск, где сосредоточены их силы в составе одной бригады под командой генерала Ямада. В его распоряжении имеется также два бронированных поезда и восемь аэропланов. В случае необходимости для борьбы с большевиками отсюда выделяются отряды, посылаемые в требуемые пункты».

 18 мая 1920 года амурские партизаны и войска Дальневосточной республики изгнали японцев с территории Амурской области. С 1920 по 1922 год Амурская область входила в состав Дальневосточной республики. В ноябре 1922 года Амурская область стала Амурской губернией, и Благовещенск стал губернским центром (вплоть до марта 1926 года). Все нормы Конституции РСФСР и законодательство советской власти вступили в силу в городе только в 1924 году.

 В 1920-е годы в городе развивалась торговля по всем законам приграничного города — включая законный товарообмен и контрабанду. С китайской стороны в город поступал, в основном, спирт, который выменивался в тайге на золото. В 1930-х годах накалилась обстановка за Амуром — в Маньчжурии стали вновь активно действовать японцы, захватившие её в 1932 году. Они консолидировали свои усилия с русскими эмигрантами для захвата власти на территории Амурской области. В 1931 году эммигрантом, уроженцем Благовещенска Константином Родзаевским на территории Китая была создана Российская фашистская партия, готовились диверсии и вылазки на территорию Амурской области. 

 В 1930-е годы в городе был запущен завод «Амурский металлист», переоборудована спичечная фабрика, построены швейная и кондитерская фабрики.

 В августе 1945 года 2-я Краснознамённая армия совершила переправу через Амур с целью разгрома японских мест дислокации на территории Маньчжурии. Об этом событии на набережной города напоминает памятник — бронекатер.

 До конца 1980-х годов въезд для жителей других регионов СССР в пограничный Благовещенск был ограничен, въезд иностранцев был воспрещён. Для посещения города требовалось приглашение друзей или родственников и специальный пропуск. Благодаря этому обстоятельству преступность в городе практически отсутствовала. Но ограничение на въезд также не способствовало приросту населения — 100 000 жителей Благовещенск набрал только к своему 100-летию в 1958 году.

 В соответствии со стратегией развития Дальнего Востока и Байкальского региона, утверждённой Правительством РФ, было предусмотрено строительство автомобильного моста через Амур, соединивший Благовещенск с китайским городом Хэйхэ. Общая стоимость строительства 19 миллиардов рублей, стоимость российской части моста — 14 миллиардов рублей. Разрешение на ввод в эксплуатацию было получено 12.05.2021 года. Но, движение по мосту начнется после снятия ограничений из-за пандемии коронавируса.